Walaupun sistem pengajian prauniversiti tingkatan 6 mengalami perubahan, segala aktiviti kuliah, tutorial, kokurikulum dan kepimpinan masih diletakkan di bawah bumbung sekolah menengah. GA dan pelajar tingkatan 6 masih terikat dengan aktiviti dan peraturan pelajar menengah yang lain walaupun kehendak dan orientasi pengajian sudah jauh berbeza. GA masih tertakluk kepada sistem sekolah di bawah arahan pengetua, termasuk tugas guru ganti, walhal mereka sepatutnya memberi tumpuan kepada persediaan kuliah, tutorial dan pentaksiran, serta menyediakan data dan dokumen yang autentik supaya kelayakan Sijil Tinggi Persekolahan Malaysia (STPM) akan lebih dihormati dan dipandang tinggi.


Terkini, Menteri Pelajaran Malaysia, Tan Sri Muhyiddin bin Mohd Yassin, yang juga Timbalan Perdana Menteri, ketika menghadiri Mesyuarat Menteri-Menteri Pelajaran Asia Timur dan Sidang Kemuncak Menteri Pelajaran Asia Timur Pertama di Jakarta semalam (5/7/12) mengumumkan secara rasmi cadangan bahawa sistem pendidikan tingkatan enam distruktur semula bagi meningkatkan imejnya sejajar dengan pendidikan prauniversiti seperti kolej matrikulasi dan pusat asasi sains. Antara langkah yang akan diambil ialah memisahkan pelajar tingkatan enam daripada sekolah biasa dan menempatkan mereka di pusat pengajian khas. Mereka juga akan menggunakan pakaian berbeza, jadual waktu yang tidak sama dan guru berlainan berbanding sekolah sekolah biasa.


Pemisahan pelajar tingkatan enam dengan sekolah biasa ialah untuk meningkatkan imej sistem dan kualiti pendidikan tingkatan enam. Faktor lain ialah jumlah pelajar tingkatan 6 seramai 83,000 orang ketika ini bertaburan di seluruh negara, selain ada sekolah tertentu hanya mempunyai satu atau dua kelas tingkatan 6. Bagaimanapun, perkara berkenaan masih di peringkat kajian dan perbincangan sebelum dilaksanakan. 


Kerajaan juga bersedia mengkaji kemungkinan tempoh pembelajaran dipendekkan enam bulan lebih awal seperti Kolej Matrikulasi Kementerian Pelajaran. Bagi menjayakan penstrukturan tingkatan enam, sistem sokongan yang lebih kukuh diperlukan, termasuk faktor logistik yang diperluaskan. Ketika ini tingkatan enam dilihat kesinambungan daripada tingkatan lima, sedangkan sebenarnya mereka sudah dewasa dan matang.


Walaupun pelajar tingkatan enam bersekolah di premis sama dengan pelajar sekolah menengah, namun Sijil Tinggi Persekolahan Malaysia (STPM) setaraf kolej matrikulasi. Malah, sistem pengajian tingkatan 6 telah wujud lebih awal dan dari segi pengiktirafan antarabangsa lebih tinggi daripada lulusan matrikulasi. Kelayakan STPM setanding dengan diploma, sedangkan perkara yang sama tidak dinikmati oleh lulusan matrikulasi.



Persepsi masyarakat sekarang ialah pendidikan di kolej matrikulasi lebih baik berbanding  dengan tingkatan enam, sedangkan kelulusan dan kelayakan mereka untuk bersaing ke universiti awam adalah setara. Sebahagian besar ahli akademik, cendekiawan, pemimpin politik, tokoh korporat, pemimpin pertubuhan bukan kerajaan dan pegawai tinggi awam pernah melalui sistem pengajian tingkatan 6Jadi, pelajar lepasan Sijil Pelajaran Malaysia (SPM) harus melihat bahawa pendidikan tingkatan enam juga antara pilihan terbaik untuk pendidikan prauniversiti.